在电子显微镜中，压强必须减小到这种程度，即大多数子在其全部运动过程中，不会与气体分子相碰撞。从这个观点讲，真空度一般在10-4~10-5托就可以了。另一方面，如果用场发射阴极，则电子枪内必须保持超高真空（10"托），对于某些试样，也希望在试样室中达到和电子枪相近的真空度以防止试样污染。在这二个极限之间有一个折衷既要保持足够低的压强，以达到所要求的目的，又不致使抽气系统过于复杂。使用一般的真空技术便能获得这种压强，需要特别说明的只是下面几点。
如果要求扫描电镜达到高分辨本领，那么应该尽可能地隔离各种震动源。因此在用机械泵时应使它远离电镜，并安装在防震支架上。为了不降低抽气速度，扩散泵必须装在电镜镜筒附近，因此扩散泵油的沸腾有时也会引起震动，所以从防震角度考虑，即使不需要达到超高真空，有时也宁可用离子泵，而不用扩散泵。
从前一级泵或扩散泵进入试样室的油分子会吸附在试样表面上，并被电子探针所分解。如果不断补充吸附层，则污染相当快，几分钟内就可厚达0.01微米，具体时间的长短决定于电子束电流的大小。故需用较长的管道来防止油蒸气进入试样室。在机械泵和扩散泵之间可装一吸附阱，扩散泵和试样室之间加-热-电-冷却挡板。必要时还应在试样周围放-冷却板。
对于有些场合，可以通过空气阀门把试样送到显微能里，这样因换试样而引起的压强增加可减少到最低的程度。另一方面，如果在观察时要对试样进行各种电的或机械的实验那么最好用一个装有这些附件的大试样室。在这种情况下抽真空的时间可以允许长到5~10分钟。
